Mùa sinh sản của đại bàng mào dài là quanh năm, nhưng có khả năng liên quan đến những thay đổi trong quần thể động vật gặm nhấm, sau đó là đến lượng mưa. Mỗi một lứa chim mái đẻ 1-2 quả trứng, màu trắng mờ có đốm màu nâu và màu xám, trong nửa cuối mùa khô. Loài này sinh một lứa duy nhất cho mỗi năm, và chỉ có một con non mỗi tổ, có lẽ là do con non lớn hơn giết chết con còn lại.

Trong thời gian ấp trứng, chim đực thường đậu gần tổ và kiếm mồi nuôi chim mái, nhưng đôi khi chim mái cũng rời tổ đi săn một mình. Trứng được ấp trong 40-44 ngày. Nếu có hai quả trứng, khoảng cách giữa hai lần nở có thể lên tới 15 ngày. Thời gian nuôi con nhỏ 53-58 ngày. Trong tuần đầu nuôi con nhỏ, chim mẹ thường nằm trong tổ hoặc ở gần đó, còn chim bố chịu trách nhiệm đi kiếm mồi. Sau ba tuần, chim mẹ đi săn nhiều hơn chim bố. Con non mọc lông đầy đủ vào khoảng 28 ngày, và vẫn còn ở xung quanh tổ tới 40-50 ngày. Nó thực hiện chuyến bay đầu tiên vào khoảng 55 ngày. Nó còn được nuôi dưỡng bởi cả chim bố và mẹ thêm hai tuần nữa.